PLANT GENOME SEQUENCING. Séminaires les 5 et 6 novembre 2014
Les Séminaires PLANT GENOME SEQUENCING seront organisés les 5 et 6 novembre 2014 au Pole de Protection des Plantes à Saint Pierre en salle 1, à 10h par le Dr Agnes Chan (J Craig Venter Institute, MD, USA (http://www.jcvi.org)). Dans le cadre de l’AAP experts invités de l’université de la Réunion, nous l’UMR PVBMT accueille pour un séjour de 2 semaines (du 3 au 14 nov. 2014) le Dr Agnes Chan, chercheuse et professeure associée au JCVI, spécialiste des technologies de séquençage nouvelle génération et des analyses bio-informatiques associées. Durant son séjour elle participera aux projets de génomique développés sur le modèle vanillier au sein du champ thématique 2.
séminaire 1
« Genotyping-by-sequencing (GBS): Principles and applications » Mercredi 5 novembre 2014, 10h00, salle 1 (3P)
GBS est une approche de séquençage de génome réduit-représentation pouvant être appliquées d'une manière de haut débit à une collection d'individus. Tout d'abord, lectures de séquence sont obtenus à partir des séquences génomiques autour des sites de restriction enzyme au sein du génome entier. Deuxièmement, les lectures sont mappés à un génome de référence pour déterminer les variations génétiques. Nous avons appliqué la méthode GBS dans plusieurs domaines notamment: (i) l'élaboration d'une carte génétique de haute densité pour la légumineuse modèle Medicago sativa, afin d'améliorer le classement des contigs génomiques, (ii) l'Identification de marqueurs SNP single-dose dans la canne à sucre des cultures de ploïdie élevée pour les caractères de la cartographie d'intérêt et (iii) l'Identification de SNP dans une collection mondiale de bananiers et bananiers plantain entrées pour accéder à la diversité génétique.
séminaire 2
« Plant genome sequencing, annotation and analysis » Jeudi 6 novembre 2014, 10h00, salle 1 (3P)
Avec l'avancée des technologies de séquençage, séquençage du génome de plante est passée de l'approche traditionnelle de séquençage des BAC-de-BAC à l'approche de fusil de chasse du génome entier prenant avantages de deuxième et troisième génération de technologies de séquençage. Le projet de séquençage de génome de Medicago intègre les données de séquence générées par les plateformes Sanger, Illumina et PacBio et servira d'exemple pour discuter du processus d'un projet de génome de plante dont le séquençage, Assemblée, annotation de gène et analyse
Publiée : 07/10/2014