Diversité et structure génétique des populations de phylotype I du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum dans le Sud-Ouest Océan Indien

Dans le cadre du Master BEE (Biodiversité Ecologie Evolution) Parcours « Biodiversité et EcoSystèmes Tropicaux Terrestres » (BEST-T), l'Umr-Pvbmt offre un stage de Master 2 pour une période de 6 mois de Janvier à Juin, pour l' année universitaire 2016 – 2017 qui se déroulera au laboratoire du Pole de Protection des Plantes au Cirad à Saint Pierre.

Sujet développé :

Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum est responsable de phytobactérioses majeures dans toutes les régions tropicales et subtropicales : flétrissement bactérien sur de nombreuses espèces dont les Solanacées maraîchères, maladie de Moko sur bananier, pourriture brune sur pomme de terre. Ce complexe d’espèces est constitué de 4 phylotypes (I à IV), originaires respectivement d’Asie, Amérique, Afrique et Indonésie-Japon (Fegan et Prior, 2005). Dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien, bien que ce complexe d’espèces est régulièrement rapporté, aucune donnée récente sur la distribution de sa diversité génétique n’est disponible et aucune étude de génétique des populations permettant d’estimer le potentiel adaptatif de cette bactérie n’a été entreprise.Dans le cadre du projet « Ralstotracing » et de la thèse de Noura Yahiaoui (oct 2014 – sept 2017), de nombreux partenariats ont été établis ayant permis jusqu’à présent de constituer une collection significative de souches (n ~1800) du complexe d’espèces R. solanacearum dans le Sud-Ouest Océan Indien. Les premières analyses ont montré que les quatre phylotypes sont présents dans des proportions très variables - phylotype I (88%), phylotype II (9%), phylotype III (3%) et 2 souches de phylotype IV - et des répartitions différentes selon les îles.Ce stage aura pour principal objectif d’appliquer sur les collections de souches de phylotype I un schéma MLVA (MultiLocus VNTR Analysis) afin d’analyser finement la diversité et la structure génétique des populations à différentes échelles (îles, région, parcelle) dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien. Au début du stage, les marqueurs VNTRs auront été développés par la doctorante et seront immédiatement disponibles pour démarrer le sujet. Cette étude contribuera in fine à renforcer l’épidémiosurveillance et orienter les stratégies de lutte vis-à-vis de cet agent phytopathogène d’une importance socio-économique majeure.

Publiée : 26/09/2016

Cookies de suivi acceptés