Etude de la diversité génétique chez Xanthomonas citri pv. citri dans la région sud-ouest de l'océan Indien : évolution et épidémiologie moléculaire.

Dans le cadre du Master BEE (Biodiversité Ecologie Evolution) Parcours « Biodiversité et EcoSystèmes Tropicaux Terrestres » (BEST-T), l'Umr-Pvbmt offre un stage de Master 2 pour une période de 6 mois de Janvier à Juin, pour l' année universitaire 2016 – 2017 qui se déroulera au laboratoire du Pole de Protection des Plantes au Cirad à Saint Pierre.

Sujet développé :

Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est une bactérie pathogène responsable du chancre Asiatique des agrumes. Elle est distribuée dans plusieurs pays agrumicoles du monde et listée comme organisme de quarantaine par ceux où elle est absente. Cette maladie est également présente dans les différentes îles de la région du sud-ouest de l’océan Indien. Dans cette zone, les premières descriptions historiques de la maladie ont été réalisées à Rodrigues et à l’île Maurice au milieu du 20ème siècle. Au sein de l’équipe « Génomique et épidémiologie des pathogènes émergents » del’UMR PVBMT nous disposons d’une collection de souches ayant été échantillonnées dans différentes îles et à différentes périodes. L’objectif de ce stage est d’étudier, à l’aide de différents marqueurs génétiques (microsatellites, SNPs) et outils d’inférences en génétique des populations(ACP, ABC, phylogénie…) la diversité génétique des souches de Xcc à cette échelle spatiotemporelle afin de tenter de reconstruire les routes invasives et de caractériser plus finement certains traits biologiques encore méconnus de la bactérie (comme par exemple son taux de mutation). Une meilleure connaissance de ces processus épidémiologiques et évolutifs estnécessaire pour améliorer notre capacité à mieux contrôler et gérer les épidémies actuelles et futures de chancre asiatique

Publiée : 16/09/2016

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