Génétique des populations instables : Peut-on reconstruire les histoires démographiques de populations soumises à des expansions et contractions successives :

Dans le cadre du Master BEE (Biodiversité Ecologie Evolution) Parcours « Biodiversité et EcoSystèmes Tropicaux Terrestres » (BEST-T), l'Umr-Pvbmt offre un stage de Master 2 pour une période de 6 mois de Janvier à Juin, pour l' année universitaire 2016 – 2017 qui se déroulera au laboratoire du Pole de Protection des Plantes au Cirad à Saint Pierre.

Sujet développé :

La génétique des populations est un outil puissant pour inférer des histoires d’invasions et mesurer des paramètres démographiques comme l’effectif efficace des populations et les taux de migrations entre populations. Mais la plupart des méthodes d’inférence reposent sur l’hypothèse que les populations étudiées sont soit démographiquement stables, soit en croissance exponentielle, soit en décroissance exponentielle. Or de nombreuses populations fonctionnent selon des alternances de croissances et décroissances, conditionnées par la variabilité temporelle de l’environnement. C’est par exemple le cas des bactéries du genre Xanthomonas pathogènes des agrumes et du manguier étudiées dans l’équipe « Génomique et épidémiologie des pathogènes émergents » de l’UMR PVBMT, qui sont soumises à une forme de saisonnalité imposée par les conditions climatiques et la présence de tissus hôtes susceptibles. Dans ce stage, nous proposons de tester par simulation, l’effet de ces dynamiques démographiques sur les inférences d’effectif efficace, afin de mieux connaître les biais de nos estimations actuelles et d’envisager de nouvelles méthodes d’inférence. Si le temps le permet nous appliquerons ces résultats à l’amélioration d’inférences réalisées sur les populations de Xanthomonas réunionnaises. Le sujet ne requiert pas de compétences initiales fortes en programmation, mais un goût certains pour l’informatique.

Publiée : 16/09/2016

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