Soutenance de Lan BUI THI NGO LE 18 février 2009

Lan BUI THI NGOC soutiendra la thèse qu'elle a effectuée au sein de l'UMR PVBMT le 18 février 2009 à 14h à l'IUT de St Pierre (amphi 115) sur le thème de la taxonomie et l'épidémiologie de la bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes.
Sujet : Apport de la génétique évolutive dans la taxonomie et l'épidémiologie de Xanthomonas citri pv., bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes

Résumé :

Xanthomonas citri pv. citri est la bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes, une maladie qui affecte la plupart des espèces commerciales d’agrumes et quelques genres de la famille des rutacées. Elle est distribuée dans plusieurs pays agrumicoles du monde et listée comme organisme de quarantaine. Trois pathotypes ont été décrits dans le pathovar citri : Les souches du pathotype A naturellement infectent une large gamme d’hôtes. Au contraire, les souches des pathotypes A* et Aw ont une gamme d’hôtes naturels restreinte.

Notre objectif était de (1) mieux décrire la classification des souches de Xanthomonas pathogènes des agrumes et les relations phylogénétiques enter les différents pathotypes et (2) d’améliorer notre connaissance de l’épidémiologie par une approche de génétique évolutive. Pour cela, nous avons utilisé des collections de souches incluant des populations à différentes échelles spatiales, et les avons analysé avec quatre méthodes moléculaires.

Toutes les souches des pathotypes A* et Aw ont été plus fortement reliées aux souches A de X. citri pv. citri par une approche polyphasique utilisant les méthodes de polymorphisme de longueur des fragments amplifiés (AFLP) et l’analyse de séquences multilocus (MLSA). Les pathotypes A* et Aw n’ont pas été différenciés par leurs profils génétique et pathologique et doivent être considérés comme synonymes. La proximité de ces deux lignées phylogénétiques majeures A et A* suggère un ancêtre commun. X. campestris pv. bilvae, bactérie faiblement caractérisée responsable de taches sur des rutacées cultivées en Inde, devrait être reclassé comme X. citri pv. bilvae.

Deux méthodes de génotypage ont été développés et évalués pour des analyses épidémiologiques à différentes échelles géographiques. Une méthode de Ligation Mediated-PCR ciblant des séquences d’insertion (IS-LM-PCR) s’est montrée plus discriminante et reproductible que la méthode rep-PCR, et est apparue adaptée à la surveillance globale de X. citri pv. citri. Une analyse multilocus de 14 loci VNTR (MLSA) a été encore plus discriminante et reproductible et représente un outil de typage puissant pour des analyses épidémiologiques à petites échelles spatiales.

Une comparaison de ces techniques avec la méthode AFLP a montré une forte congruence dans l’analyse de la diversité génétique d’une collection de souches asiatiques, suggérant très peu de recombinaisons au sein de ces populations. Les données IS-LM-PCR suggèrent que la transposition des IS dans le génome de X. citri pv. citri apparaît si rarement que le signal phylogénétque n’est pas perturbé. La quasi totalité des souches A ont pu être séparés du pathotype A* quelque soit la méthode de génotypage. La description dans le sous continent Indien de souches A génétiquement proches de souches A* suggère que cette région pourrait être un centre de diversification de X. citri pv. citri en pathotypes distincts.

Les approches bayésiennes ont été pertinentes pour décrire du flux de gènes dans une population Vietnamienne. La mise en évidence d’une population épidémique récemment introduite au sein de la population endémique a été confirmée par différents paramètres génétiques. De plus, des profils de descendance récents ont été révélé par l’analyse de la structure de complexes clonaux. Le fort déséquilibre de liaison détecté à tous les niveaux géographiques de la région au verger suggèrent d’abord un isolement géographique entre les souches.

Les différents outils de génotypage et d’analyse évalué au cours de ce travail pourront être utilement intégrés dans un système de surveillance global de X. citri pv. citri ou pour conforter et décrire des situations épidémiologiques. Par ailleurs, nos résultats mettent en avant l’importance de la génétique évolutive dans notre compréhension de la taxonomie et de l’épidémiologie des bactéries phytopathogènes.

Publiée : 11/02/2009