Projet Parasol

Objectif :

Développer un outil innovant en matière de diagnostic des phytobactérioses, ainsi qu'une plate-forme d’hybridation et d’analyse pour puce à ADN.

Les résultats issus de l’analyse comparative des génomes disponibles permettront d’une part, de compléter le répertoire d’oligonucléotides préexistant (core-génome et génomes spécifiques) avec l’apport de nouvelles sondes spécifiques des 5 nouveaux génomes séquencés dans notre groupe. S’agissant du cœur du projet, c’est-à-dire la partie diagnostic de la puce, nous définirons un nombre adapté de marqueurs spécifiques dont nous saturerons les séquences en oligonucléotides et nous validerons cette première série sur notre plateforme Agilent. Nous procéderons ainsi, de manière parcimonieuse, à une série d’étapes alternant conception/validations-ajustements. Les données moléculaires concernant les autres bactéries phytopathogènes (hors complexe d’espèce R. solanacearum) d’intérêts seront tirées des bases de données publiques (NCBI, Comprehensive Phytopathogen Genomics Resource CPGR, etc). La flexibilité de l’approche qui sera développée ici avec notre prestataire Agilent nous permettra de répondre à la constante évolution de ces bases de données.

Ce projet repose d’une part sur l’avancée significative des connaissances sur la diversité génétique, phénotypique et la phylogénie du complexe d’espèces chez R. solanacearum qui a donné lieu à un nouveau schéma de classification en phylotype/clade/sequevar par l’équipe de Prior (Inra-Cirad PVBMT). Les génomes de trois souches (GMI1000, Molk2 et IPO1609) sont d’ores et déjà séquencés, annotés et publiés (1) (ou en cours de publication) par l’équipe de Boucher (LIPM, INRA-Toulouse).

Ce projet s’appuie, d’autre part, sur le brevet EP07 291213 « Method for detecting Ralstonia solanacearum race 3 » déposé en 2007 à l’initiative de l’INRA, et dont une revendication couvre spécifiquement l’utilisation diagnostic d’une puce à ADN incluant tout ou partie de 49 séquences spécifiques à la race 3 de Ralstonia (type Molk2). Une puce à ADN d’environ 7000 oligonucléotides (puce 7K), à vocation d’étude du transcriptome (puce d’expression) a ainsi été réalisée à partir des génomes des trois souches séquencées par le LIPM (2). Récemment, la pertinence de cette classification en quatre phylotypes a été validée par une approche en génomique comparative utilisant cette puce (Guidot et al. 2007) (3).

Calendrier : 2009-2010