L'UMR PVBMT est dirigée par Bernard REYNAUD du Cirad et co-dirigée par Dominique STRASBERG de l'Université de la Réunion. Les décisions concernant la vie de l'unité sont discutées, trois fois par an, en réunions du conseil d'unité. Le conseil d'unité est composé de membres élus et de membres nommés : il représente toutes les catégories de personnel de l'unité.
Deux commissions spécialisées se réunissent au préalable : l'une traite des questions liées à la qualité et à la sécurité, l'autre des questions liées à la formation, l'information et de la documentation.
Des assemblées générales, destinées à informer tout le personnel de l'unité, ont lieu une à deux fois par an.
L'UMR PVBMT est structurée en 5 équipes de recherche au sein de trois champs thématiques.
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