Diversité et ressources génétiques : des résistances variétales durables aux maladies

Programme de développement rural de la Réunion 2015-2018. Aide aux projets pilotes et à la mise au point de nouveaux produits, pratiques, procédés et technologie : Mise au point de nouveaux produits, pratiques, procédés dans le secteur de l'agriculture et expérimentation agronomique

Date de début de projet :

01/07/2015

Date de fin du projet :

31/12/2018

Objectifs

L’enjeu global de l’action est de contribuer à la sécurisation de l’agriculture réunionnaise, en termes de rendement/profitabilité, mais aussi de contribuer à la sûreté alimentaire, en termes de qualité sanitaire des productions locales, cela à travers l’amélioration génétique des espèces végétales pour la résistance aux maladies. Seront plus particulièrement menées des études sur les résistances variétales et leur déterminisme génétique vis-à-vis de pathogènes à impact économique majeur, en profitant de la situation exceptionnelle de la Réunion sur les plans épidémiologiques et agro-climatiques. Les espèces de plantes travaillées concernent à la fois des productions alimentaires d’importance locale et mondiale, comme les solanacées maraîchères (tomate, aubergine, poivron), et une production patrimoniale régionale, le vanillier, plante à vocation aromatique. Les travaux sont réalisés dans le cadre du Réseau d’Innovation et de Transfert Agricole et de l’Unité Mixte Technologique Santé et Production Agroécologique en Milieu Tropical de la Réunion

Localisation

Réunion-Océan Indien - Guyane

Description

L'enjeu global de ces travaux est d'élaborer pour le sélectionneur les meilleures stratégies de déploiement des résistances pour un contrôle durable des pathogènes dans les principales situations épidémiologiques (par exemple choix des gènes à sélectionner et à pyramider dans les cultivars).

Un premier programme concerne le pathosystème aubergine/flétrissement bactérien du à la bactérie tellurique Ralstonia solanacearum, en menant de front des études sur la plante et le pathogène. L'objectif est de comprendre les bases génétiques et moléculaires de la résistance, de sa spécificité, de son contournement et in fine de sa durabilité. Au cours de la période 2015-2018, il s'agira de préciser le déterminisme génétique des résistances existant dans la diversité naturelle de l'aubergine, notamment en cartographiant dans quelques sources de résistances prometteuses les gènes/QTLs spécifiques ou généralistes vis-à-vis de souches représentatives des différents phylotypes/séquévars de la bactérie. La poursuite des collaborations avec l'INRA de Toulouse (LIPM) et le Virginia Tech., USA (Boris Winatzer) sur la période 2016-2018 aura pour objectif majeur de confirmer ou non l'intervention d'un effecteur bactérien de type 3 (RipAX2) dans une interaction spécifique avec le gène majeur ERs1 détecté dans la lignée d'aubergine AG91-25. La recherche de facteurs majeurs de résistance complémentaires de ce gène majeur chez l'aubergine, aura pour objectif à plus long terme de bâtir des résistances multiples capables de contrôler également les souches virulentes de la bactérie. Les méthodes de cartographie génétique et de caractérisation des gènes de résistance feront appel aux techniques récentes de génotypage/séquençage haut débit (NGS) concernant le génome comme le transcriptome.

Un 2ème programme concerne la résistance du vanillier à la fusariose due au champignon Fusarium oxysporum avec pour objectif de diminuer l'impact de cette maladie majeure en exploitant les sources de résistance identifiées au sein de notre centre de ressources  biologiques CRB Vatel. Ces travaux visent une meilleure connaissance du pathogène et de sa diversité génétique, ainsi que la compréhension des bases génétiques de la résistance à F. oxysporum. Les méthodes d’identification des gènes/QTLs associés à la résistance feront appel aux différentes méthodes omiques et à la mise en œuvre des techniques NGS. Parallèlement à ces études académiques, un programme de création de nouveaux clones améliorés de vanillier pour la résistance à la fusariose mais également d’autres traits d’intérêt agronomique (indéhiscence, productivité) se poursuivra en valorisant la collection unique au monde maintenue et caractérisée à la Réunion pour cette espèce.

Partenaires

  • L’ARMEFLHOR.
  • La coopérative PROVANILLE pour la sélection de clones améliorés de vanilliers.
  • Les organisations professionnelles et de producteurs en ce qui concerne les choix variétaux adaptés à la Réunion, notamment pour la résistance aux maladies.
  • Les semenciers privés nationaux et internationaux (Syngenta, Vilmorin, Sakata, Technisem, Enza Zaden, East West Seeds..), 

Financement

FEDER - Région Réunion

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