Gestion durable des résistances génétiques à R. solanacearum chez l’aubergine (Solanum melongena)

En réponse à l'appel à projets 2013 CASDAR « Semences et sélection végétale » : Une offre variétale pour les systèmes de culture de demain

Date de début de projet :

23/10/2015

Objectifs

l'importance de ce projet est l’identification chez l’aubergine de nouveaux gènes/QTL de résistance qui sont complémentaires du gène ERs1 et permettraient en combinaison avec ce dernier de contrôler toute la diversité du pathogène. Un des résultats les plus importants attendus du projet est la dissection de la résistance chez AG91-25 basée sur le gène majeur ERs1 accompagné de quelques QTL spécifiques ou non des souches ou phylotypes. Les limites et risques d’utilisation de cette résistance seront connus avec précision, ainsi que les combinaisons à privilégier avec les facteurs présents dans les autres accessions en vue du pyramidage de gènes à terme dans les cultivars d’aubergine.

Le génotypage dense de la carte intraspécifique RILs E8 x E6 pourrait bénéficier des 3500 marqueurs SNPs polymorphes produits sur ces deux lignées dans le cadre du projet ANR Arcad. 

Les connaissances acquises chez l’aubergine pourront ensuite être mises à contribution chez les autres Solanacées, tomate, piment et également pomme de terre : recherche d’homologues du gène ERs1 et exploration, chez ces espèces synténiques, des zones du génome correspondant à celles identifiées chez l’aubergine.

Le réseau, focalisé sur l’aubergine dans ce projet, pourra être mis à contribution pour les études de stabilité et durabilité de résistance d’autres solanacées (tomate et piment, voire pomme de terre).

Les effecteurs-diagnostic de changement de virulence, identifiés dans cette étude, pourront être utilisés en épidémiosurveillance dans un réseau de parcelles plus large. La recherche des cibles végétales de ces effecteurs bactériens permettra à terme l’identification de nouveaux gènes de résistance.

Localisation

Réunion, Guyane, France, Cameroun

Description

R. solanacearum représente un problème phytosanitaire majeur sur les cultures maraîchères, mais constitue également une menace potentielle en France métropolitaine et dans d’autres pays de l’UE. La résistance variétale est la méthode la plus efficace et la moins coûteuse pour contrôler cette bactériose tellurique, mais son utilisation à large échelle est rendue difficile par la diversité et la très grande plasticité génotypique du pathogène. Le développement de sources de résistances efficaces et durables implique d’approfondir notre connaissance des interactions cultivar x souches, ainsi que leur dynamique évolutive. Les travaux menés à la Réunion (projet INRA-CIRAD-semenciers privés) ont montré que les niveaux de résistance les plus intéressants étaient observés chez l’aubergine.  Dans l’accession S. melongena ‘AG91-25’, un gène majeur dominant a été identifié (Ers-1) contrôlant spécifiquement 3 souches du phylotype I mais contourné par des souches virulentes du même phylotype. D’autres accessions portent des résistances à spectre large (efficaces contre plusieurs phylotypes) potentiellement intéressantes en sélection. Le déterminisme génétique de ces résistances doit être caractérisé en vue de leur utilisation future. Dans ce projet seront donc explorées les complémentarités des différentes résistances ; en parallèle, la durabilité du gène Ers1 sera quantifiée en évaluant son impact sur l’évolution  des populations de R. solanacearum à l’échelle parcellaire. Les résultats obtenus, corrélés aux observations sur le terrain dans des essais de contournement de la résistance, permettront de se faire une première idée de la durabilité des résistances. Les connaissances acquises dans ce projet seront valorisables pour les filières maraîchères en termes d’efficacité des facteurs de résistance à déployer face aux différentes situations épidémiologiques caractérisant les DOM et la zone tropicale en général.  

Partenaires

  • INRA Avignon 
  • CIRAD-UMR  PVBMT
  • CIRAD-UPR 106 Bioagresseurs-  Guyane
  • ARMEFLHOR Réunion 
  • TECHNISEM  
  • LIPM Toulouse :  Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes (LIPM)

Financement

UnionEuropéenne - Région Réunion

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