Biologie des populations du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum appliquée à l’épidémiologie du flétrissement bactérien de la pomme de terre à Madagascar : Soutenance de thèse

Résumé

Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) constitue un groupe de souches génétiquement hétérogène, responsable du flétrissement bactérien chez une vaste gamme d’hôtes pouvant compromettre la pérennité de l’agriculture d’aujourd’hui. Récemment, une épidémie sévère et atypique de flétrissement bactérien sévit dans les bassins de production de pomme de terre des hauts plateaux centraux malgaches. Le contrôle et le déploiement de cultivars résistants pour la gestion durable de l’épidémie impliquent la caractérisation au préalable de l’agent pathogène d’une part, la compréhension de la structure et l’organisation spatiale des populations du ceRs prévalentes dans les bassins, d’autre part. Nous avons exploré la diversité génétique du ceRs pour caractériser et comprendre les graves épidémies de flétrissement bactérien qui sévissent à Madagascar. Une large collection de souches (n=1224; 75 sites) est constituée. Les souches sont assignées aux phylotypes I, III, et la grande majorité associée à l’épidémie appartiennent au groupe IIB-1 (‘Brown rot’ des anglo-saxons) signalé pour la première fois à Madagascar. L’approche MLVA (RS2-MLVA9) a révélé leur apparenté aux souches IIB-1 distribuées mondialement, suggérant ainsi une introduction malheureuse à Madagascar. Trois populations clonales se propagent par des tubercules infectées. Cette étude a également permis de définir pour la première fois la structure des populations des souches du phylotype III. Le génotypage des souches malgaches du phylotype III, avec le schéma hautement résolutif RS3-MLVA16 que nous avons développé, a révélé une forte diversité génétique structurée géographiquement en onze populations clonales bien différenciées. Cette structure reflète un caractère endémique des populations suggérant l’absence de transmission par tubercules. Les souches malgaches sont différentes de celles d’Afrique continentale. Les souches IIB-1 et III présentent deux modèles épidémiologiques différents. Les variétés de pomme de terre cultivées à Madagascar  n’ont montré aucune résistance génétique vis-à-vis du panel de souches malgaches. Cependant, dans nos conditions expérimentales les accessions du CIP 720118 et 800934 sont résistantes aux souches I-31 non détectées pour l’instant à Madagascar, mais prévalentes dans l’Océan Indien. Nous disposons ainsi d’un outil robuste pouvant être appliqué à l’étude du phylotype III, d’une vue globale de la structure des populations et d’épidémiologie du ceRs.