Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le Sud-ouest de l’Océan indien : soutenance de thèse

Résumé : 

Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans les petites îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI) (Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte). Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans les petites îles du SOOI s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée par rapport à celle observée dans les petites îles du SOOI où l’on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches du sequevar I-31 y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représente la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat surprenant nous a conduit à explorer en particulier le rôle de molécules antimicrobiennes, les bactériocines, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar, dans les petites îles du SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocines des souches du ceRs. Nos résultats ont montré que les sequevars I-18 et I-31 produisent des bactériocines actives contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans les petites îles du SOOI. De plus, les souches I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d’expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d’autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l’identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées du ceRs. Vu l’importance économique des pertes causées par le flétrissement bactérien qui est considéré comme étant responsable de la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines va maintenant être explorée.