Epidémiologie moléculaire du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum, agent du flétrissement bactérien, dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien : Soutenance de thèse

Résumé :

Dans les îles du sud-ouest de l'océan Indien (SOOI) (Comores, Maurice, Mayotte, Réunion, Rodrigues et Seychelles), le flétrissement bactérien causé par le complexe d'espèces Ralstoniasolanacearum (ceRs) est une phytobactériose considérée comme l’une des plus nuisibles pour les productions vivrières ou d’exportation. Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit avaient pour principal objectif l’exploration du niveau et de la distribution de la diversité génétique du ceRs et de la structure génétique de ses populations dans le SOOI. Nous avons mené de vastes campagnes d’échantillonnage qui ont permis de constituer une large collection de 1704 isolats, principalement à partir de Solanacées (tomate, pomme de terre, piment, aubergine, poivron) et de géranium rosat. L'assignation phylogénétique des isolats a montré une très forte prévalence du phylotype I (88 %), qui est distribué dans chaque île du SOOI, tandis que les phylotypes II (9 %) et III (3 %) ne sont trouvés qu'à La Réunion. Deux souches de phylotype IV ont par ailleurs été signalées à l'île Maurice, représentant le premier rapport de ce groupe phylogénétique dans le SOOI. Une approche phylogénétique et de génotypage (MLSA/MLST) basée sur l’analyse de séquences de 6 gènes de ménage et 1 gène associé à la virulence (egl) a permis de révéler les relations génétiques entre 145 souches représentatives (diversité géographique + hôte d’isolement) du SOOI et 90 souches mondiales de référence. Le développement et l’application d’un schéma MLVA basé sur 17 séquences répétées en tandem (VNTR) sur près de 1300 souches a permis de révéler que les populations de phylotype I sont organisées en complexes clonaux dans le SOOI et que le niveau de diversité génétique est très contrasté selon les îles, Maurice présentant la plus forte diversité génétique. Un résultat majeur de cette thèse est la mise en évidence du déploiement d’une lignée génétique (sequevar I-31 ; STI-13 ; MT-035), surreprésentée dans les îles du SOOI, qui pourrait avoir été introduite via du matériel végétal contaminé depuis l’Afrique de Sud ou l’Afrique de l’Ouest. Nos études préliminaires montrent que l’haplotype majoritaire MT-035(i) est le probable haplotype fondateur du complexe clonal le plus prévalent dans le SOOI, (ii) présente un pouvoir pathogène élevé (large gamme d’hôtes comprenant des plantes cultivées et des adventices, et forte agressivité sur Solanacées) et (iii) possède une forte aptitude à la compétition dans l’environnement via la production de bactériocines. Ces travaux permettront in fine de renforcer l’épidémiosurveillance et orienter les stratégies de lutte vis-à-vis de cet agent phytopathogène, notamment via le déploiement de cultivars résistants.