Etude de l’endoréplication partielle stricte chez les vanilliers cultivés par des approches génomiques et bioinformatiques

Résumé

Le sujet de thèse est centré sur l’étude de l’endoréplication partielle stricte (SPE), un phénomène biologique spécifique à la lignée des orchidées et décrit chez tous les vanilliers étudiés à ce jour. Si ce phénomène est connu, ses mécanismes et son impact fonctionnel sur la plante ne sont toutefois ni compris ni caractérisés. Le séquençage du génome de Vanilla planifolia, espèce la plus cultivée dans le monde pour la production de gousses de vanille, représente une forte avancée dans la compréhension de ce phénomène.

Le sujet de thèse proposé repose ainsi sur approches deux complémentaires : (i) l’exploitation nouvelles technologies de séquençage pour affiner la structure et la composition du génome du cultivar V. planifolia CR0040 et (ii) l’analyse bio-informatique de ces données de séquençage afin d’identifier de possibles motifs structuraux et fonctionnels liés aux zones endorépliquées versus non répliquées du génome.

Les travaux qui seront menés au cours de cette thèse serviront d’appui au programme de sélection et d’amélioration variétale des vanilliers mené par l’UMR PVBMT à La Réunion.