MUSEOBACT : mieux comprendre les émergences des agents pathogènes des cultures à l'aide d'échantillons historiques

Description

MUSEOBACT est un projet ANR JCJC englobant différentes activités.

1) Visite et échantillonnage des collections d'herbiers

La première étape indispensable à la bonne réalisation de ce projet consiste en la récolte de matériel. Une quinzaine d'herbiers englobant parmi les plus riches collections (MNHN Paris, Kew Gardens Londres, National herbarium New York) mais aussi des plus petites de la zone OI (Université Réunion, MSIRI Maurice, Herbiers de Madagascar) seront visitées dans le but d'identifier des spécimens potentiellement infectés par des microbes pathogènes. Des morceaux de tissus infectés seront prélevés et ramenés au laboratoire.

2) Optimisation des protocoles moléculaires et séquençage des pathogènes historiques.

La deuxième étape concerne l'extraction des acides nucléiques historiques à partir des tissus prélevés dans les collections d'herbiers. Pour ce faire, les protocoles moléculaires d'extraction, d'amplification et de séquençages des ADNs historiques seront optimisés pour assurer leur authentification et leur caractérisation. Les Acides nucléiques historiques sont porteurs de marqueurs moléculaires caractéristiques de leur dégradation.

3) Reconstruction des histoires d'émergences.

Une fois le génome des microbes historiques séquencé, il sera comparé avec celui d'homologues modernes prélevés au champs afin de reconstruire les relations de parentés, estimer des paramètres biologiques et épidémiologiques et ainsi mieux comprendre les mécanismes d'émergence et d'évolution des microbes. Ces études seront réalisées sur i) plusieurs espèces de Xanthomonas pathogènes des cultures (agrumes, manioc, riz), ii) Xylella fastidiosa, une bactérie infectant de nombreuses plantes et iii) des virus de la famille des géminivirus attaquant le manioc et la patate douce.