Structure des communautés de Mastrevirus à la Réunion : une association étroite avec l’agriculture.

Résumé : 

Notre compréhension de la diversité virale a largement évolué au cours des dernières décennies grâce à l'utilisation systématique de méthodes métagénomiques sur des échantillons provenant de divers écosystèmes. Alors que ces découvertes font passer notre compréhension des virus du statut d'agents pathogènes à celui de composants essentiels des écosystèmes, il reste maintenant à décrire correctement la structure des interactions virales avec leurs hôtes à grande échelle. Nous utilisons ici le séquençage de troisième génération pour caractériser les espèces du genre Mastrevirus à partir d'un large ensemble d'échantillons de plantes obtenus dans trois types d'écosystèmes de La Réunion. En effet, grâce à l'échantillonnage de pools de 61 espèces indigènes et exotiques de Poales, 14 espèces de Mastrevirus ont été détectées, interagissant avec 36 hôtes. En plus d'identifier trois espèces de Mastrevirus non décrites auparavant et une espèce au génome dit défectif, nous avons pu caractériser le réseau d'interactions hôte-virus. L'analyse de sa structure des communautés démontre un phénomène d'imbrication ("nestedness" : les gammes d'hôtes spécialistes sont des sous-ensembles des gammes d'hôtes généralistes) mais l'absence de modularité (les interactions sont organisées en composants distincts densément connectées). Ce résultat est largement imposé par un généraliste : le Maize Streak Virus, qui partage 14 hôtes avec d'autres virus. Ainsi, sur les sites testés, les agroécosystèmes présentent une plus grande diversité virale que les prairies côtières et aucun mastrevirus n'a été détecté dans les prairies subalpines. De plus, le nombre d'espèces de plantes exotiques infectées est plus élevé que les espèces indigènes, ce qui indique que les Mastrevirus ont été introduits à La Réunion par les activités humaines. L'étude de l'ensemble des virus de plantes dans les mêmes écosystèmes révélerait si ce modèle de diversité et de structure des communautés est conservé ou est un cas particulier du genre Mastrevirus.